Il primo nucleo di collezioni paleontologiche si formò durante la dominazione francese grazie al Prof. Gian Battista Guidotti, già professore di Scienze Naturali. Successivamente durante il regno di Maria Luigia – anche grazie alle donazioni della Duchessa – furono acquisite le più importanti collezioni, quali la collezione di pesci fossili dell’Eocene di Bolca e la collezione di vertebrati plio-pleistocenici di Cortesi, e un ingente collezione di molluschi fossili (circa 300 specie) provenienti sempre dal Plio-Pleistocene piacentino.
Le collezioni antiche e recenti comprendono in prevalenza reperti fossili di invertebrati e vertebrati marini provenienti da aree pedappenniniche del parmense e del piacentino.

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