Nonostante le sue ridotte dimensioni il Museo di Storiografia Naturalistica ospita numerose collezioni naturalistiche, principalmente zoologiche e paleontologiche, che spaziano dalla seconda metà del ‘700 ai giorni nostri.
Ricordiamo tra le altre la Collezione Fourcault, che diede inizio al museo,  le Collezioni Strobel, la Collezione eritrea Bottego, la Collezione Andres con esemplari di tutti i continenti  e la Collezione Del Prato di fauna parmense.
Oltre a queste collezioni, nel corso del tempo il Museo di Storiografia Naturalistica ne ha acquisite numerose altre, zoologiche ma in parte anche etnografiche, come le Collezioni Piola e Ferrante.

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